Trefwoorden
T490: biotechnologie; B110: bio-informatica
Doelstellingen
In tien jaar tijd evolueerde de bioinformatica van een obscure academische specialisatie naar het sleutelwoord van de 21ste-eeuwse biologie en biotechnologie. Tijdens die periode werd niet alleen de genetische code van de mens, maar ook van een aantal modelorganismen helemaal ontrafeld. Dit genereerde enorme hoeveelheden biologische data die echter nog maar het topje van de ijsberg zijn. DNA-banken worden wereldwijd met RNA- en eiwitdatabanken gelinkt en DNA-chips leveren op korte tijd expressiepatronen en tijdcorrelaties van tienduizenden genen. Met gespecialiseerde softwarepakketten wordt “data-mining” mogelijk: op zoek gaan naar nuttige (patenteerbare) genen en genproducten. Het creëren van nieuwe transgene organismen (landbouw, veeteelt, milieu) en ontwikkelen van nieuwe medicijnen en dieetvoeding wordt hierdoor goedkoper en sneller.
Leerinhoud
Oefeningen - Na een theoretische inleiding volgen oefeningen met web-gebaseerde software waarbij sequenties uit DNA-, RNA- en proteïnedatabanken geanalyseerd worden. Genen en eiwitten worden opgespoord en vergeleken met elkaar. Gemeenschappelijke basesparen worden voorgesteld en een clusteranalyse wordt uitgevoerd. Mogelijke primers worden ontworpen en gecontroleerd. Restrictie-enzymes worden opgezocht en virtueel aan het werk gezet. In silico worden nieuwe promotors aan coderende sequenties gekoppeld, enz. Als de basistechnieken verworven zijn worden virtuele projecten uitgevoerd met het inzicht en de verbeelding van de studenten en de beschikbare software als enige limiet. Hierbij worden de analyse van enkele wetenschappelijke artikels als startbasis gebruikt. De oefeningen illustreren bovendien andere biotechnologische vakken en reiken een extra dimensie aan voor het eindwerk.
Begincompetenties
Kennis biochemie en biotechnologie, genetica, informatica.
Eindcompetenties
- Inzicht krijgen in de manier waarop DNA, RNA en eiwitdatabanken tot stand komen, georganiseerd en gelinkt worden;
- sequenties kunnen opzoeken, analyseren en verwerken;
- zoek- en verwerkingsresultaten kunnen interpreteren;
- een bio-informatica opdracht kunnen analyseren en actief, in functie van een probleem; gepaste software en randinformatie kunnen kiezen en toepassen;
- creativiteit en zin voor initiatief
- zelfstandig kunnen werken.
Leermaterialen
::Voor meer informatie, klik hier::
Syllabus “Bio-informatica”, handleidingen softwaretoepassingen, PC-lokaal, internet
Studiekosten
Geraamde totaalprijs: 10.0 EUR
10 euro
Studiebegeleiding
Permanente mogelijkheid tot vraagstelling, begeleide oefeningen
Onderwijsvormen
Werkcolleges, projectwerk, practische oefeningen, bedrijfsbezoek.
Evaluatievorm
Verslagen oefeningen en projecten
OP-leden
Stefaan Werbrouck
|
|
